בפעילות הכללית למניעת זיהום באגן היקוות הכינרת ובאגם נכללים תחומים רבים ומגוונים בעלי השפעה אפשרית על איכות המים בכינרת. הפעילות בתחומים אלה כוללת, כאמור, פיקוח ואכיפה, בקרה הנדסית , חינוך סביבתי והסברה וניהול ממשקים למניעת זיהום.

רשימת התחומים:
1. פרויקט החולה
2. מערכות הולכה וטפול בשפכים
3. מאגרי קולחים ומערכות לסילוק קולחים
4. פעילות חקלאית
- רפתות
- בקר במרעה
- בריכות לגידול דגים
- בריכות לגידול דגי פורלים
- לולים
- חומרי הדברה ודישון
5. ממשק דייג בכנרת
6. שייט בכנרת ובירדן
7. דלקים ושמנים
- תחנות תדלוק
- אחסון דלקים ושמנים
- מוסכים
- ספינות בכנרת
8. אשפה ופסולת מוצקה
9. מחנות צה"ל
10. מפעלי תעשייה
11. חופי הכינרת
12. מערכות ניקוז

בחלק זה ניתן ללמוד על כל אחד מגורמי הזיהום ועל הנעשה לצמצומם.