בעבר עסקה מנהלת הכינרת בפתוח חופי רחצה ציבוריים, ניהול, תחזוקה ושמירת הנקיון בחופים, הקמה ותפעול של אתרים לטפול בפסולת מוצקה כולל מערכת הובלה מרחבית לשינוע אשפה, הקמה ותפעול של מתקני הולכה וטפול בשפכים ומאגרי קולחים ועוד.במסגרת זו הועסקו בעבר במינהלת הכנרת כ- 50 עובדים.
כיום, משמשת מינהלת הכנרת כזרוע של נציבות המים לניווט וניהול תפעול האגם והפעילות האנושית המתרחשת סביבו בכל תחומי אגן ההיקוות ולביצוע המטלות הקשורות במניעת זיהום ושמירת איכות המים כנ"ל.
מנהלת הכינרת נוקטת בפעולות פקוח ואכיפה, בקרה, הסברה וחינוך סביבתי למניעת זיהום ושמירת איכות המים - פעילויות אלה נעשות בתאום ובשיתוף פעולה עם גורמים רבים נוספים הפועלים בתחום הכנרת כגון: מערכת הניטור והמחקר של המעבדה לחקר הכנרת ויחידת אגן ההיקוות של חב' "מקורות", המשרד לאיכות הסביבה, מינהל הספנות - משרד התחבורה, אגף הדייג - משרד החקלאות, מעבדת מיג"ל, משרד הפנים, השרות ההידרולוגי, רשויות מקומיות, משרד התשתיות, משרד התיירות ועוד).
מאז הקמתה, נצבר במנהלת הכנרת ידע ונסיון רב בתחומי פעילותה ופותחו דפוסי פעילות שהקנו לה מעמד ומוניטין ויצרו מסגרת ארגונית ייחודית שאין דומה לה בארץ.
ב. מבנה ארגוני
"מנהלת הכינרת" מהווה חלק מ"רשות ניקוז ונחלים כינרת"- תאגיד סטטוטורי ומלכ"ר- ושואבת את סמכויותיה בעיקר מכוח חוק המים וחוק הניקוז. סמכויות אלה הוענקו לה ע"י נציב המים. פעילותה של מנהלת הכינרת ממומנת ע"י נציבות המים.
במנהלת הכינרת מועסקים 14 עובדים.
ג. יעדים ותחומי פעילות
היעד המרכזי של מנהלת הכינרת: מניעת זיהום באגן היקוות הכינרת ובאגם, לצורך שמירת איכות מי הכינרת כאיכות ראויה לאספקת מי גלם לשתיה למשק המים הארצי.
תחומי הפעילות כוללים:

· בקרה הנדסית באגן הכינרת על הגורמים המשפיעים על איכות מי הכינרת.

· פיקוח הנדסי כללי על מערכות ומתקנים למניעת זיהום באגן הכינרת.

· ניהול ממשקים למניעת זיהום.

· פיקוח כללי ואכיפה על גורמי הזיהום.

· הסברה, הדרכה וחינוך סביבתי בנושאי מניעת זיהום באגן הכינרת ובאגם.
ד. פעילות מנהלת הכינרת
לבצוע הפעילויות והמטלות קיימות במינהלת הכנרת שלוש יחידות עיקריות: יחידה הנדסית, יחידת פקוח ואכיפה ויחידת הסברה. היחידות מנוהלות ע"י מנהל מינהלת הכנרת המשמש גם כיועץ כללי לנושאי מניעת זיהום.
מקורות הזיהום הכלולים במסגרת פעילויות מינהלת הכנרת:

שפכים (ביתיים ותעשיתיים)

זיהום מבעלי חיים (רפתות, בקר, לולים, חוות סוסים, מדגה)

הדברה ודישון חקלאי

דלקים ושמנים

החולה (כבול, סחף רוח, ניקוז)

פתוח באגן היקוות הכנרת (חופי הכנרת, מגורים, תיירות, תעשייה וכו').

מליחות הכנרת.

מימשק דייג בכנרת

שייט באגם.

אשפה ופסולת מוצקה.
1. היחידה ההנדסית
באמצעות היחידה ההנדסית מבצעת מינהלת הכנרת בקרה הנדסית על הגורמים הישירים והעקיפים המשפיעים על איכות מי הכנרת ומקורות המים המזינים אותה, יוזמת תוכניות הנדסיות הקשורות למניעת זיהום הכנרת, מפקחת באופן כללי על בצוע מערכות ומתקנים למניעת זיהום באגן היקוות הכנרת ומנהלת ממשקים שונים למניעת זיהום.
במסגרת זו מבצעת היחידה ההנדסית, בין היתר, את הפעולות הבאות:

השתתפות בישיבות ועדות התכנון והבניה (מקומיות, מחוזיות וארצית)

בדיקה ובקרה של תוכניות בתחומים שונים.

מעקב ובקרה על בצוע תוכניות פתוח בהתאמה לדרישות ולתנאים.

ליווי מקצועי של מערך התפעול והתחזוקה של החולה.

פקוח ובקרה על מפעלי טפול בשפכים עירוניים, סילוק מזהמים ממפעלי תעשיה, רפתות, בריכות דגים ומוקדים אחרים וגיבוי הנדסי שוטף ליחידת הפקוח והאכיפה.

ליווי הבצוע של הקמת מפעלי הולכה, טפול וסילוק שפכים.

ליווי תוכניות כלליות וסקרים (תוכניות אב, תוכניות מתאר סקרי השפעה על הסביבה וכדו').

מעקב וליווי הנדסי אחר האמצעים הננקטים למניעת זיהום מפסולת מוצקה, חומרי הדברה ודישון, תחנות דלק ואיחסון דלקים ושמנים.
2. יחידת הפקוח והאכיפה
תפקידי יחידת הפקוח והאכיפה:

איסוף מידע על מצב גורמי הזיהום באגן היקוות הכינרת

מניעה וטפול בתקלות ובאירועי זיהום

הרתעת מזהמים פוטנציאליים

אכיפת חוק המים, חוק הניקוז וחוק הנקיון בתחום מקורות המים באגן היקוות הכינרת

פקוח כללי על בצוע מערכות ומתקנים שונים למניעת זיהום
במסגרת יחידה זו נערכות בקורות תקופתיות בכל האתרים והמערכות הכלולים בתחומי הפעילות - מערכות שפכים וקולחים, שייט בכנרת ובירדן, תחנות תדלוק, אשפה ופסולת מוצקה, מחנות צה"ל, מפעלי תעשיה, חופי הכינרת. במידת הצורך מבוצעים גם דיגומים ובדיקות מעבדה.
האכיפה כוללת חקירת העבריינים והכנת תיקים מסודרים לקראת הגשת תביעות משפטיות וכתבי אישום.
למפקחי מנהלת הכינרת הסמכה כדין לעריכת חקירות לפי חוק הפרוצדורה הפלילית, הסמכה כדין לחוק פקודת הדייג, הסמכה לפקוח על חוק התכנון והבניה והסמכה כדין לחוק שמירת הניקיון. כל אלה נותנים בידי מנהלת הכינרת כלים יעילים לפקוח ואכיפה על הגורמים המזהמים.
3. הסברה וחינוך סביבתי
ההסברה, ההדרכה והחינוך הסביבתי במנהלת הכינרת נועדו להגברת המודעות לשמירת הכנרת ונכסיה והקניית ידע הקשור לכנרת ולשמירת איכות מימיה כמקור לאספקת מים - באמצעות הרצאות, הדרכת סטודנטים ותלמידים, פרסומים, עלון דו חודשי ("אגמית"), שימוש בכלי התקשורת, ניהול ספריה מקומית ייחודית, סיורים מקצועיים, ימי עיון בנושאים שונים וכדו'.
ה. רשימת נושאי תפקידים במנהלת הכינרת: